{mosimage}komputer-farmasiPada 13 Desember 2007, dilaporkan bahwa identifikasi awal dari efek samping buruk obat sebelum diuji pada manusia adalah sangat penting dalam mengembangkan terapi baru, karena efek samping yang tidak diharapkan menyebabkan sepertiga dari kegagalan proses pengembangan obat. Sekarang, peneliti pada Universitas California, San Diego (UCSD) telah mengembangkan teknik baru dengan menggunakan modeling komputer untuk mengidentifikasi efek samping potensial dari obat, dan telah menggunakan teknik itu untuk mempelajari kelas obat tertentu, yang termasuk didalamnya adalah tamoxifen, obat yang sering diresepkan pada perawatan kanker payudara. Kajian mereka tersedia di jurnal Plos Komputasi Biologi.
Metode uji konvensional menapiskan senyawa pada studi binatang, sebelum uji pada manusia, dengan harapan dapat menemukan efek samping dari terapetik yang menjanjikan. Tim UCSD, yang dipimpin oleh Philip Bourne, Profesor Farmakologi pada Sekolah Farmasi dan ilmu farmasetika UCSD dan Lei Xie PhD dari Pusat Komputer Super San Diego UCSD, mereka menggunakan tenaga dari model komputer untuk menapiskan molekul obat tertentu menggunakan database yang tersedia untuk seluruh dunia. Database tersebut adalah Protein Data Bank (PDB), yang didalamnya terdapat entri dari ribuan struktur tiga dimensi protein.

Molekul obat didesain untuk mengikat pada protein target dalam rangka mendapatkan efek terapetik, namun jika molekul obat kecil yang berfungsi sebagai ‘kunci’ bertaut pada target protein lain yang memiliki situs pengikatan serupa, atau ‘lubang kunci’, maka efek samping bisa terjadi.
Dalam rangka mengidentifikasi protein yang bisa menjadi target tak diinginkan, peneliti USCD menggunakan molekul obat tunggal dan melihat bagaimana kemungkinan ia dapat mengikat pada semua protein yang disandikan oleh proteosom manusia. Dalam studi kasus yang sudah dipublikasikan, mereka menggunakan Select Estrogen Receptor Modulators (SERMs), kelas obat yang dimana tamoxifen termasuk didalamnya, untuk mengilustrasikan pendekatan baru tersebut.
‘Prosedur komputasi yang kami kembangkan dimulai dengan model tiga dimensi obat, dalam rangka menunjukkan struktur dari molekul obat yang terikat pada protein target, dalam hal ini SERM yang terikat pada reseptor estrogen,’ kata Bourne, yang adalah wakil direktur PDB. Kemudian, peneliti menggunakan analisis komputer untuk mencari situs pengikatan lain yang cocok dengan situs pengikatan obat. Seperti mencari lubang kunci lain, yang dapat dibuka oleh kunci yang sama.
Pada kajian ini, tim menemukan protein target SERMs yang belum teridentifikasi sebelumnya . Identifikasi pada situs pengikatan ini menjelaskan mengapa terjadi efek samping yang buruk, dan membuka peluang untuk memodifikasi obat supaya tetap mengikat pada target yang diinginkan, namun mengurangi afinitasnya pada situs sekunder.
“Jika obat memiliki efek sampingan buruk, kemungkinan besar obat tersebut mengikat pada molekul sekunder yang tidak diinginkan, dengan kata lain, kunci yang digunakan untuk bertaut dengan sasaran ternyata cocok untuk banyak lubang kunci,’ kata Bourne. Ia menjelaskan, bahwa dengan menggunakan teknik komputer ini untuk menemukan ‘lubang kunci’ lain akan menghasilkan salah satu dari tiga hal ini: Lubang kunci baru bisa jadi tidak menghasilkan efek apapun, lubang kunci tersebut dapat menjelaskan efek samping buruk dari obat, atau riset tersebut dapat saja menemukan efek terapetik baru, yang potensial untuk pengembangan obat yang ada.
Peneliti UCSD melanjutkan kajian mereka, yang menurut Bourne dapat diaplikasikan pada semua obat yang ada di pasaran, dimana struktur obat tersebut terikat pada reseptor PDB. Bourne menggaris bawahi, bahwa hasil dari pendekatan ini tetap harus diuji di laboratorium basah.
Jiang Wang dari program Bioinformatika UCSD juga berkontribusi pada studi ini melalui Plos. Penelitian ini didukung oleh National Institute of Health. Diadaptasi dari bahan yang diberikan oleh UCSD.

Diterjemahkan dari:
University of California – San Diego (2007, December 13). New Computational
Technique Can Predict Drug Side Effects. ScienceDaily. Retrieved April 28, 2009
Ditulis oleh: Arli Aditya Parikesit pada 13-05-2009

{mosimage}Siapa bilang belajar kimia itu membosankan ? Buat kamu yang mulai jenuh dengan perhitungan kimia, menghafal reaksi kimia, atau kosakata kata-kata yang ngejelimet , kamu bisa coba untuk mempelajari kimia disekitar kita dengan menonton video tentang tabel periodik.
Sebuah grup pengajar yang dikepalai oleh Prof. Martyn Poliakoff dari the University of Nottingham telah membuat “Video Tabel Periodik” ,  yang isinya berupa ulasan selama beberapa menit seluruh elemen unsur tabel periodik. Video ini berisi tentang ulasan tentang sifat-sifat unsur tersebut, kegunaannya dalam kehidupan kita, dimana unsur tersebut bisa didapat atau mengapa unsur itu begitu penting bagi kehidupan kita.

{mosimage}Baru-baru ini Indonesia mengalami rentetan bencana yang berkaitan dengan air, mulai dari banjir hingga yang terakhir adalah kekeringan. Sebenarnya istilah bencana kekeringan tidak tepat juga karena kenyataannya negara kepulauan kita dikelilingi oleh air, namun tepat adanya jika kita menyebut krisis air bersih. tentu saja terjadi krisis air terutama di pulau Jawa yang berpenduduk padat dan memiliki lokasi industri demikian banyak oleh karena masih sedikit kepedulian kita terhadap zat yang cantik dan vital tersebut. Bahkan lahan tempat sumber-sumber airpun dijarah atas nama pembangunan sehingga pembangunan berwawasan lingkungan hanya tinggal menjadi istilah yang hebat namun hampa.

Kita yang awam mengenal air sebagai kebutuhan paling pokok, bahkan tampaknya lebih pokok daripada kebutuhan primer apapun. siapapun tak akan dapat bertahan tanpa air. sehari-hari kita berinteraksi dengan air namun alangkah miskinnya pengetahuan kita tentang air membuat kita kurang menghargainya lebih dari sekedar barang yang cair dan penting. Tak kenal maka tak sayang, maka mari kita berkenalan sedikit lebih intim dengan “water, the beautiful thing” agar semakin tumbuh kecintaan kita terhadapnya sehingga kita bisa lebih menghargainya.
Melihat air yang jernih bagaikan melihat permata berlian yang berkilauan. Sesungguhnya air yang cair itu adalah kumpulan trilyunan molekul H2O. Dalam dunia kimia dikenal H sebagai atom hidrogen dan O sebagai atom oksigen. Jadi H2O adalah satu molekul air yang mengandung satu atom oksigen dan 2 atom hidrogen. Padahal kita tahu bahwa pada tekanan atmosfer, oksigen dan hidrogen berwujud gas tapi ketika mereka bersatu saling mengikat janji bisa berubah wujudnya menjadi cair. Berkat kecerdasan kimiawan masa lalu kita dapat melakukan perhitungan begini, dalam 18 gram atau kurang lebih 18 mililiter air terkandung 6,022 x 1023 molekul H2O. Jadi, jika satu milyar adalah 10 maka bilangan tadi bermakna 602,2 ribu milyar milyar dan bilangan tersebut dikenal sebagai konstanta Avogadro. Itu baru 18 mililiter air, bayangkan jika kita meneguk segelas air atau mandi atau bahkan mengisi kolam renang, berapa banyak jumlah molekul air yang telah kita gunakan atau bahkan kita buang !!

Molekul Air yang cantik dan Istimewa
{mosimage}Jika kita melihat bentuk molekul air, maka semakin terbukalah rahasia mengapa zat ini demikian istimewa. Sesungguhnya jika gas oksigen dan gas hidrogen bertemu untuk membentuk molekul air, reaksi yang terjadi sangatlah berbahaya karena bisa timbul panas yang tinggi bahkan ledakan karena oksigen adalah gas yang dibutuhkan untuk pembakaran dan hidrogen adalah gas yang mudah terbakar. Tapi untunglah Tuhan telah menyediakan air semenjak penciptaan sehingga kita tidak perlu membuat air dengan ledakan. Kurang lebih dibebaskan energi berupa panas sebesar 242 kilo Joule untuk membuat air sebanyak 18 gram dari 22,4 liter atau 2 gram gas hidrogen dan .11,2 liter atau 16 gram gas oksigen pada suhu 0 derajat Celcius dan tekanan satu atmosfer. Mari kita lihat bentuk molekul air yang berhasil diamati dengan berbagai percobaan dan perhitungan yang rumit.
Bentuk molekul air tersebut dan terutama sifat elektroniknya menjadikan air memiliki sifat fisika dan kimia yang fantastis. Apakah sifat elektronik itu ? Dalam pemahaman kimia dan fisika, semua sifat-sifat atom dan molekul ditentukan oleh perangai dan keadaan elektron yang mengelilingi inti atom. Ternyata alam mengajarkan kita lebih banyak lagi tentang berbagi dan bekerja sama. Ikatan yang terjadi antara dua atom hidrogen dan satu atom oksigen menjadi satu molekul air disebut ikatan kovalen. Yaitu ikatan antar atom yang terjadi karena setiap atom menyumbangkan elektron yang dimiliki untuk saling berpasangan dan digunakan bersama membentuk satu ikatan. Namun, karena oksigen memiliki kelebihan pasangan elektron, maka elektron yang tidak membentuk ikatan tersebut dikatakan sebagai “pasangan elektron bebas“. Adanya elektron bebas yang bersifat sangat negatif menjauhkan kedudukannya dari dua atom hidrogen sehingga ikatan H2O membengkok sebesar 107.5 derajat. Sedangkan keadaan alamiah atom oksigen yang bersifat negatif dan atom hidrogen yang bersifat positif menimbulkan pengkutuban atau perbedaan muatan. Kedua keadaan itulah yang menjadikan molekul air bersifat polar, artinya molekul air memiliki perbedaan muatan yakni negatif pada sisi pasangan elektron bebas dan positif pada sisi atom hidrogen. Kepolaran air bisa berarti segalanya dan amatlah besar faedahnya. Kepolaranlah yang menjadikan air dapat menghantarkan arus listrik. Berkat sifat air yang polar, dia bisa melarutkan berbagai macam zat lain, misalnya darah, protein, vitamin, garam dan lain-lain. Kenyataannya, air merupakan pelarut universal yang paling ramah terhadap lingkungan. Demikian sebaliknya, air terpisah dari minyak dan lemak karena adanya perbedaan kepolaran. Coba bayangkan jika air dan minyak dapat bercampur, betapa susahnya membersihkan tumpahan minyak di laut lepas !!. Walaupun demikian, sering kali sifat air sebagai pelarut universal malah merugikan dirinya sendiri karena dia mudah sekali tercemari oleh beraneka ragam materi kimia maupun biologi sehingga sulit untuk membersihkannya lagi, apalagi ditambah dengan ketidakkepedulian kita untuk menjaga kemurniannya.
Adanya perbedaan muatan menjadikan ikatan antar molekul air sendiri cukup kuat sehingga pada suhu ruangan dia berbentuk cair, dibandingkan dengan bensin yang segera menguap. Aksi tarik menarik antara atom hidrogen di satu molekul air dengan pasangan elektron bebas pada molekul air yang lain disebut ikatan hidrogen dan oleh sebab itu diperlukan suhu 100o Celcius untuk mengubah keadaan cair menjadi uap. Air dikatakan memiliki nilai kalor spesifik yang tinggi, artinya diperlukan energi yang cukup besar untuk menjadikannya mendidih sebaliknya air dapat melepaskan panas perlahan-lahan ke lingkungan. Berkat sifat tersebut iklim di bumi tetap stabil demikian juga tubuh kita memiliki suhu yang konstan karena kurang lebih 70% permukaan bumi dan 60% tubuh mahluk hidup terdiri dari air.

Begitu banyak keistimewaan air sehingga manfaatnya pun demikian luas mencakup berbagai aspek seperti kimia, fisika, biologi hingga agama, budaya, seni, bahkan ekonomi dan politik. Jika penelitian terakhir menunjukkan banyak situ-situ di sekitar Jakarta mulai menghilang itu berarti telah terjadi kesalahan dalam pengelolaan lingkungan. Bukan tidak mungkin suatu saat nanti Jakarta akan benar-benar kehabisan mata air dan harus memproduksi air bersih dengan teknologi yang lebih mahal dan lebih rumit akibat kelalaian kita bersama. Sungguh, air yang cantik dan sangat penting dalam kehidupan kita itu memang materi yang paling melimpah di bumi. Air diciptakan dan dicurahkan bukan berarti untuk disia-siakan, maka sekarang saatnya untuk kita lebih menghargai air sebagai ciptaan Tuhan yang paling indah.

Ditulis oleh Jelliarko Palgunadi pada 27-04-2009

{mosimage}Hari Selasa, 21 April 2009 dan Rabu, 22 April 2009 sebanyak 79 mahasiswa dari berbagai perguruan tinggi swasta di Yogyakarta mengikuti Olimpiade Kimia Tingkat KopertisV Yogyakarta, tak terkecuali mahasiswa UII. digawangi oleh mahasiswa Ilmu Kimia, D3 Kimia Analis, Farmasi, Teknik Kimia dan Teknik Lingkungan sebanyak 36 Mahasiswa UII berpartisipasi dalam kegiatan ini
Olimpiade Kimia yang pertama kali dilaksanakan di wilayah Kopertis V Yogyakarta dilaksanakan selama dua hari. di hari pertama peserta mengikuti ujian soal tertulis dalm bidang Kimia Fisika, Kimia Anorganik dan Kimia Organik sedangkan di hari keduanya peserta mengikuti ujian soal tertulis di bidang Kimia Analitik. kemudian untuk penentuan Juara dilakukan ujian praktik, sebanyak lima besar dari peserta mengikuti ujian parkatik pemasangan alat berupa Alat Titrasi, Sokletasi, Destilasi dan Refluks.

Kegiatan Olimpiade ini juga melibatkan Dosen dan Staff perguruan tinggi swasta, adalah UII san ISTA Akprint yang terlibat sebagai juri dan panitia Fasilitator dan Moderator. UII mengirimkan SDM terbaiknya dari Jurusan Ilmu Kimia dan D3 Kimia Analis untuk dapat berkontribusi dan mensukseskan kegiatan Olimpiade Kimia tersebut.
Mereka adalah :
1. Prof. Dr. Hardjono Sastrohamodjojo (Pjs. Kaprodi Ilmu Kimia) sebagai Juri dan Pembuat Soal
2. Riyanto, M.Si., Ph.D. sebagai Juri Dan Pembuat Soal
3. Tatang Shabur Julianto, M.Si. sebagai Juri dan Pembuat Soal
4. Thorikul Huda, S.Si. sebagai Pembuat Soal dan Fasilitator
4. Cecep Sa'bana Rahmatillah, S.Si. sebagai Fasilitaor dan Moderator